La Fundación Fraunhofer Chile Research se estableció en 2010 para promover el intercambio científico entre Chile y Alemania. Con ello comenzó su primer centro: el Centro de Biotecnología de Sistemas (Fraunhofer Chile CSB), en estrecha colaboración con el Instituto Fraunhofer de Biología Molecular y Ecología Aplicada (IME), en Aquisgrán, Alemania. No obstante, en 2021 este Centro fue transferido a la U. Andrés Bello.
En 2014, Fraunhofer Chile Research se adjudicó un segundo centro de excelencia internacional en I+D: el Centro de Tecnologías para Energía Solar (Fraunhofer Chile-CSET), que comenzó a operar en Mayo de 2015 con el propósito de contribuir al desarrollo de una economía solar en el país, en estrecha colaboración con el Instituto Fraunhofer de Sistemas de Energía Solar (Fraunhofer ISE).